No Ubuntu 15.04, após alguns segundos sem utilizar o mouse sem fio, era preciso movimentá-lo por alguns segundos para que ele voltasse a responder. Descobri que é uma configuração que suspende qualquer dispositivo USB que fique inativo por mais que alguns segundos.
A solução: remover o laptop-mode-tools e o powertop.
Na resposta original tem a configuração dentro do powertop, porém como falado a mudança não sobreviveu ao reboot (após o desligamento total). Não sei exatamente quais efeitos colaterais eu criei com isso, mas qualquer coisa é melhor que o mouse demorando para responder a cada minuto.
Existe a opção de mudar a configuração em /etc/laptop-mode/conf.d/usb-autosuspend.conf (CONTROL_USB_AUTOSUSPEND=0), porém no meu caso esse arquivo não existe, e mesmo criando ele com a configuração desejada o problema não foi resolvido.
Também teve esse problema? Essa solução resolveu? Comente abaixo.